O processo de certificação é necessário para que servidores públicos concursados como Agentes de Saúde passem a figurar como Agentes de Combate a Endemias em atendimento às novas regras do SUS.
Depois de concluído o processo de certificação a prefeitura passará a receber um incentivo financeiro do Governo Federal para a manutenção do programa. Processo semelhante foi realizado para a certificação dos Agentes Comunitários de Saúde.
O processo requer que todos os servidores tenham ingressado no serviço público por meio de concurso e que sejam apresentados os documentos comprobatórios perante uma comissão formada pelo Conselho Municipal de Saúde, Secretário Municipal de Saúde, representante da 16ª DIRES e membros da administração municipal.